Должность подпрапорщика появилась в русском стрелецком войске вскоре после появления собственно прапорщиков — младших офицеров, первоначально отвечавших в бою за перемещение и сохранность знамени (прапора) стрелецкой сотни. В силу высокой ответственности исполняемой задачи в помощники к прапорщику назначали наиболее толковых "низких" урядников, что и привело к тому, что подпрапорщики стали считаться самыми старшими среди унтер-офицеров. В походе именно они, а не прапорщики, несли знамя части.

Подпрапорщик (портупей-прапорщик) 33-го Старо-Ингерманландского полка, эстандарт-юнкер 7-го драгунского Новороссийского полка и подхорунжий лейб-гвардии Уральского казачьего эскадрона.

В России в XVII—XX веках подпрапорщик — одно из унтер-офицерских званий, впервые введенное Указом «О чинах воинских» в 1680 году для всех полков — стрелецких, солдатских и рейтарских, по статусу выше капрала и ниже прапорщика. В 1698-1716 годах, до принятия петровского Воинского устава, подпрапорщик по статусу был ниже каптенармуса и выше сержанта. В 1716-1722 годах, до принятия Табели о рангах, подпрапорщик по статусу был выше капрала и ниже каптенармуса, затем до 1765 года — выше каптенармуса и ниже сержанта. В 1765-1798 годах — выше каптенармуса и ниже младшего сержанта, в 1798-1826 годах — выше младшего унтер-офицера и ниже фельдфебеля. В гвардии с 1838 года звание подпрапорщика упразднено и восстановлено только в 1884 году, хотя и сохранялось как факультативное звание для слушателей учебных заведений гвардии, равное званию юнкера, до 1859 года. В лейб-кампании в 1741-1761 годах подпрапорщики относились к VIII классу Табели вместе с фурьерами и вице-сержантами, то есть приравнивались к капитан-поручикам гвардии.

Подпрапорщик рейтарских полков. 1680-е годы.

Подпрапорщик Дудников. Портрет работы В. А. Пояркова.
На портрете полного георгиевского кавалера Дудникова на погонах подпрапорщика чётко видны нашитые сверху лычки фельдфебеля.
С 1716 года в соответствии петровским Уставом на подпрапорщиков возлагалась обязанность в походе командовать отставшими на марше и надзирать за больными и ранеными. Подпрапорщики русского происхождения получали 13 рублей годового жалования. Подпрапорщикам же из иноземцев платили по 72 рубля. В 1731 году эту разницу ликвидировали, и по 72 рубля в год стали платить всем подпрапорщикам. С 1800 по 1826 годы, после отмены чина сержанта подпрапорщик занимал позицию между младшим унтер-офицером и фельдфебелем, а с 1826 года и до введения в 1907 году чина зауряд-прапорщика подпрапорщик становится самым старшим из унтер-офицерских чинов, заняв позицию выше фельдфебеля и ниже прапорщика. Причиной такого перемещения стало не только то, что в соответствии с формальной логикой, подпрапорщик должен располагаться под прапорщиком, но и то обстоятельство, что с момента упразднения звания сержанта командирами плутонгов (взводов) были именно подпрапорщики. В целом же за XVIII—XIX века круг обязанностей подпрапорщиков и требования к уровню их воинской и общеобразовательной подготовке неоднократно менялись. С середины XVIII века и до реформы 1826 года звание было также и своего рода аналогом звания вольноопределяющегося – в него автоматически производились лица, имевшие полное классическое среднее образование и, как следствие, право на производство в обер-офицеры. До введения системы юнкерских училищ в подпрапорщики производились слушатели высших военных учебных заведений. Более того, в те времена даже погон подпрапорщика был одинаков с погоном юнкера. Это был обычный солдатский погон , обшитый по боковым краям и верхнему краю узким золотым галуном. В 1880-1903 годах в подпрапорщики автоматически производили юнкеров, окончивших пехотные юнкерские училища, до присвоения им первого обер-офицерского звания. До 1880 и с 1903 года подпрапорщиками в войска выпускались из большинства военно-учебных заведений юнкера, не выказавшие даже минимальных успехов в учёбе или же совершившие некие особо порочащие проступки, и выпущенные поэтому по 3-му разряду (т.е. не произведённые при выпуске в обер-офицеры), они не могли быть в дальнейшем произведены в портупей-прапорщики либо зауряд-прапорщики, не могли и выслужить чин прапорщика, но сохраняли право на производство сразу в подпоручики при условии длительной беспорочной службы и успешной сдачи экзаменов по программе подготовки прапорщиков запаса. На практике такое производство обычно имело место на третьем году службы, а экзамены принимались достаточно формально.

Подпрапорщик 10-го пехотного Новоингерманландского полка Григорий Селинчук, март 1916 года.
После отнесения командиров взводов к штатной категории обер-офицеров в подпрапорщики стали производить только помощников командиров взводов. С 1907 года звание присваивалось исключительно сверхсрочнослужащим. Их погон приобрёл шестиугольную форму, как у офицеров. На погоне подпрапорщики имели продольную нашивку из портупейного галуна шириной 5/8 вершка цветом по приборному металлу полка. Кроме этой нашивки они носили поперечные нашивки по занимаемой должности. Две нашивки – на должности отделенного унтер-офицера, три нашивки – на должности взводного унтер-офицера, одна широкая – на должности фельдфебеля. На других должностях подпрапорщики поперечных нашивок не имели. Жалование подпрапорщика в 1913 году составляло 28,5 рубля в месяц в первые три года службы и 33,5 рубля в последующие. За прохождение первых двух лет службы подпрапорщик получал 150-рублёвое единовременное пособие, а за 10 лет непрерывной служб - единовременное пособие в тысячу рублей.
Следует учитывать, что с 1826 года в гвардии (в т. н. «старой гвардии») подпрапорщики были равны армейскимподпоручикам, но не относились к соответствующему классу Табели о рангах, в отличие от ранее числившихся старше них сержантов и фельдфебелей гвардии. С 1843 года в правовом отношении к подпрапорщикам приравнены юнкера и для них установлены одинаковые знаки различия — погоны , обшитые по краю узким золотым галуном. Подпрапорщики (как правило из дворян), назначенные исполнять обязанности офицеров (командиров отдельных частей и т. д.), носили портупею с обер-офицерским галуном и офицерский темляк на холодном оружии, и до 1907 года именовались портупей-прапорщиками или, в случае отсутствия оснований для последующего производства в обер-офицеры – зауряд-прапорщиками (до 1884 года), хотя вопреки распространенному заблуждению это не было в тот период отдельным званием или должностью. По статусу портупей-прапорщик был равен портупей-юнкеру. При общей схожести до неразличимости статуса портупей-прапорщика и зауряд-прапорщика до 1907 года принципиальное различие между ними заключалось в том, что портупей-прапорщик ни при каких обстоятельствах не мог носить офицерскую форму и знаки различия , не титуловался "ваше благородие", т.е. оставался именно унтер-офицером, хоть и исполняющим обер-офицерские обязанности.
В случае, если унтер-офицер производился в подпрапорщики за отличие или как кандидат на производство в обер-офицеры — он носил на погоне подпрапорщика поверх галуна унтер-офицерские лычки по своему предыдущему званию (фельдфебеля или старшего, отделённого унтер-офицера).

Погон подпрапорщика на должности фельдфебеля. 2-й Сибирский стрелковый генерал-адъютанта графа Муравьева-Амурского полк.
С 1801 года унтер-офицеры из дворян, выслужившие не менее трех лет в звании, получили право производства в прапорщики при выходе в отставку. Прочие унтер-офицеры при увольнении в бессрочный отпуск или отставку могли быть поощряемы присвоением следующего звания. На практике чаще всего унтер-офицеры производились в подпрапорщики или кондукторы. Особым было положение гвардейских подпрапорщиков — они даже не будучи произведены в гвардии прапорщики могли выходить в отставку «армейским чином» или поступать на статскую службу. При этом например до 1859 года подпрапорщик гвардии мог выйти в отставку или перевестись в армию армейским подпоручиком. Для кавалерии подобная практика при производстве в корнеты была разрешена только при условии сдачи экзамена по программе подготовки кавалерийских юнкеров.
По статуту знака отличия Военного ордена (Георгиевского креста) от 1913 года в подпрапорщики (разумеется, в тех родах войск и частях, где это звание существовало) автоматически производились любые военнослужащие, награжденные его 1-й степенью, а награжденные 2-й степенью производились в подпрапорщики при увольнении в отставку или в запас. С началом Первой мировой войны это правило стало систематически нарушаться.
23 ноября 1917 года чин подпрапорщика был отменён, как и все остальные чины, звания и титулы.