Министерство юстиции России было учреждено 8 сентября 1802 года Манифестом Александра I «Об учреждении министерств». Этим же документом в составе Правительства предусматривалась должность министра юстиции, и он одновременно являлся генерал-прокурором Российской империи.

На Министерство юстиции были возложены функции подготовки законодательных актов, а также управления деятельностью судов и прокуратуры. Оно занималось вопросами назначения, перемещения, увольнения чинов судебного ведомства, учреждения и упразднения судов, осуществляло надзор за их работой. Первым министром юстиции — генерал-прокурором Российской империи был утвержден выдающийся русский поэт и государственный деятель Гавриил Романович Державин. Осуществляя управление всей системой юстиции, Министерство с первых дней своего образования большое значение придавало совершенствованию законодательства. Под руководством известного государственного деятеля М. М. Сперанского была проведена кодификация законодательства: издано 56 томов Полного собрания законов Российской империи и 15 томов Свода законов.

В 1828 году М. М. Сперанский представил Императору предложения о необходимости кадрового укрепления судов судьями и правоведами, причем их подготовка требовала непосредственного участия Министерства юстиции. После проведенной в 1864 году в России судебной реформы, в подготовке и проведении которой Минюст принимал деятельное участие, полномочия Министерства юстиции заметно расширились. На всех этапах прохождения судебной реформы роль Министерства юстиции была значительной, а то и определяющей. Министерство юстиции осуществляло руководство судебными органами, управление межевой и тюремной частями, нотариатом. Заведуя личным составом суда и прокуратуры, оно получило право назначения и увольнения следователей по важнейшим делам в окружных судах, а также городских судей и членов уездных окружных судов. Министерство ввело институты мировых судей и присяжных заседателей, напрямую руководило деятельностью прокуратуры и осуществляло управление местами лишения свободы. Министерство обладало достаточными полномочиями по формированию и проведению в жизнь правовой политики государства.

По представлению Министерства юстиции Законом от 16 июня 1884 года было усилено наказание за служебные растраты и хищения, в том числе для лиц привилегированных сословий. По ходатайству Министерства юстиции 26 мая 1881 года было отменено публичное исполнение смертной казни. В области гражданского права 19 мая 1881 года Министерством юстиции были составлены Правила о порядке укрепления прав на недвижимое имущество.

Все законодательные предложения представлялись на заключение Министерства юстиции до внесения их на рассмотрение Государственного совета, а с 1881 года законопроекты других ведомств стали поступать на заключение Министерства юстиции не только для их оценки с юридической стороны, но и для согласования с существующими законами.

Законотворчество Министерства юстиции конца 19 века — начала 20 века характеризуется особым вниманием к правам личности.
В 1897 году разработан проект закона об изменении порядка возбуждения вопросов об ответственности губернаторов; в 1903 году — проект закона об условном осуждении, что являлось совершенно новым и весьма демократичным институтом для России; в том же году Министерством юстиции был разработан дисциплинарный устав, регламентирующий наказание за служебные проступки; в 1904 году разрабатывается проект закона о некоторых изменениях в наказуемости и порядке преследования государственных преступлений. В том же году Министерством юстиции утверждены Правила о порядке содержания в тюрьмах гражданского ведомства политических арестантов.
С середины 19 века министры юстиции активно занимались международной деятельностью: председательствовали в Международном трибунале, были членами постоянной Международной палаты Третейского суда в Гааге. Задачей Министерства юстиции было информировать министров об утверждении уставов вновь созданных организаций и обществ, а сам министр обязан был еженедельно представлять Императору личные или письменные доклады о состоянии порученных дел.

13 декабря 1895 года из ведения Министерства внутренних дел в ведение Министерства юстиции было передано Главное тюремное управление, что объяснялось»…целью сближения тюремного дела в его законодательной постановке и практическом осуществлении с интересами правосудия».

После Октябрьской революции 1917 года Министерство юстиции было преобразовано в Народный комиссариат юстиции. Практическое претворение в жизнь Декрета № 1 «О суде» потребовало от органов юстиции усилий, связанных с формированием судов и подбором для них кадров. Заметное место в деятельности комиссариата юстиции занимало создание нового законодательства. Принятым 30 января 1928 года постановлением ВЦИК и СНК наркому юстиции были непосредственно подчинены в качестве заместителей прокурор и председатель Верховного Суда республики. Согласно Положению о Народном комиссариате юстиции, утвержденному 26 ноября 1929 года, Верховный Суд входил в состав аппарата Наркомюста.

Впоследствии полномочия Наркомата юстиции претерпели радикальные изменения — в 1936 году прокуратура была выделена в самостоятельное ведомство.

С 1936 года на Наркомат юстиции СССР была возложена задача систематизации и подготовки материалов по кодификации законодательства и до 1946 года законотворческая деятельность шла по трем основным направлениям: подготовка общесоюзных кодексов (Уголовного, Гражданского, Уголовно-процессуального, Гражданско-процессуального, Основ трудового законодательства и Основ законодательства о браке и семье); подготовка Хронологического собрания законов, указов и постановлений Правительства СССР и Систематического собрания законов; справочная работа по законодательству. В системе Министерства юстиции СССР создаются научно-исследовательские криминалистические лаборатории и Всесоюзный институт юридических наук. Примечательно, что именно по инициативе Минюста РСФСР в 1957 году (впервые в российском праве) в текст УПК РСФСР было включено понятие «презумпция невиновности».

По положению о Наркомате юстиции СССР от 8 декабря 1936 года Наркомюст и его местные органы получили право давать судам указания о правильности и единообразии применения судебной практики. Такие взаимоотношения органов юстиции и судов подвергались критике и послужили одним из поводов упразднения Министерства юстиции СССР в 1963 году.

Поскольку излишняя радикальность и отчасти ошибочность такого решения была очевидна и подтверждена временем, 30 августа 1970 года Президиум Верховного Совета СССР издал Указ, положивший начало воссозданию органов юстиции. Учитывая острую потребность в высококвалифицированных кадрах для воссозданного ведомства, в этот же день Президиумом Верховного Совета СССР издал Указ о создании в структуре Минюста Всероссийского института усовершенствования работников юстиции.

После распада Советского Союза Министерство юстиции обновило функции и ныне находится на пути дальнейшего укрепления и развития.
Возрождение сильной государственной власти потребовало обеспечения единого правового пространства, упрочения верховенства закона, реального разделения властей, гарантий прав и законных интересов граждан, равной ответственности государства и гражданина.
Современный этап реформ в России характеризуется совершенствованием и укреплением правового государства, созданием и развитием демократических институтов общества. Согласно Указу Президента РФ от 13 октября 2004 года № 1313 «Вопросы Министерства юстиции Российской Федерации», Минюст России является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной сфере деятельности, а также в сфере исполнения уголовных наказаний, регистрации некоммерческих организаций, включая отделения международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественные объединения, политические партии и религиозные организации, в сфере адвокатуры, нотариата, государственной регистрации актов гражданского состояния, обеспечения установленного порядка деятельности судов и исполнения судебных актов и актов других органов, а также правоприменительные функции и функции по контролю и надзору в сфере регистрации некоммерческих организаций, включая отделения международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественные объединения, политические партии и религиозные организации, в сфере адвокатуры, нотариата, государственной регистрации актов гражданского состояния.

В ведении Министерства юстиции в настоящее время находятся Федеральная служба исполнения наказаний и Федеральная служба судебных приставов .

Кроме этого, в структуру Минюста России входит аппарат Уполномоченного Российской Федерации при Европейском Суде по правам человека.