С начала периода «оттепели» в 1960 годах стала очевидной необходимость реформирования действующей административной модели следствия. На этой волне впервые за многие десятилетия внимание привлекла к себе забытая петровская вневедомственная модель предварительного следствия. Сначала – в кругах научной общественности, а затем – и на уровне высшего руководства страны.

В результате в апреле 1990 г. на I съезде народных депутатов СССР Комитету Верховного Совета СССР по законодательству и Совету Министров СССР было поручено подготовить и внести предложения о создании «союзного Следственного комитета».

После всех доработок и согласований в первом полугодии 1993 г. проект закона «О Следственном комитете Российской Федерации» был внесен на рассмотрение Верховного Совета России и одобрен в первом чтении. Однако роспуск Верховного Совета помешал принятию этого закона.

На протяжении последующего десятилетия неоднократно предпринимавшимся попыткам внести законопроекты о реформировании следственных органов неизменно мешала нестабильная политическая ситуация в стране.

Лишь в 2007 г. в условиях относительной стабильности и консолидации политических сил удалось принять федеральные законы от 5 июня 2007 г. № 87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации и Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации» и от 6 июня 2007 г. № 90-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации». В соответствии с этими нормативными правовыми актами из компетенции прокурора были исключены полномочия по процессуальному руководству следствием. Однако самым главным новшеством было то, что следственный аппарат органов прокуратуры стал относительно самостоятельным ведомством. Перечисленные меры создали условия для дальнейшей полной организационной и функциональной независимости следственного органа.

Однако на этом этапе вновь созданный Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации еще входил в систему органов прокуратуры, Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации в связи с занимаемой должностью являлся Первым заместителем Генерального прокурора Российской Федерации, а работники Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации — прокурорскими работниками.

Вместе с тем в соответствии с частью 3 статьи 20.1 Федерального закона «О прокуратуре» Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации назначался на должность и освобождался от должности Советом Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по представлению Президента Российской Федерации. Первый заместитель и заместители Председателя Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации назначались на должность и освобождались от должности Президентом Российской Федерации по представлению Председателя Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации. Остальные работники назначались на должность и освобождались от должности Председателем Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации. Председатель Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации утверждал структуру и штатное расписание ведомства, а также определял полномочия его подразделений.

Таким образом, на данном этапе развития, несмотря на организационно-правовое объединение Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации с органами прокуратуры, определенная административная подчиненность руководителя следственного ведомства Генеральному прокурору Российской Федерации была устранена. Вопросы кадровой политики, определения структуры ведомства, а также наделения работников следственного органа полномочиями были переданы в компетенцию Председателя Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации.

Модель организации следственного органа уже на том этапе по своей правовой сути не являлась административной. Она включала в себя практически все традиционные элементы (признаки) вневедомственной модели: организационную независимость и отсутствие административного подчинения и подотчетности руководителю непрофильного ведомства; функциональную независимость, которая обеспечивала объективность и беспристрастность расследования. Организационная включенность в структуру органов прокуратуры носила лишь формально-правовой, а не административный характер.

Однако окончательное восстановление петровской вневедомственной модели организации следствия произошло 15 января 2011 г., когда вступил в силу Федеральный закон от 28 декабря 2010 г. № 403-ФЗ «О Следственном комитете Российской Федерации». Как отмечалось в пояснительной записке к проекту данного закона, функционирование Следственного комитета вне системы прокуратуры Российской Федерации создаст необходимые условия для эффективной реализации полномочий прокуроров по надзору за процессуальной деятельностью органов предварительного следствия, усиления взаимодействия следственных органов с органами прокуратуры, позволит повысить объективность следствия, тем самым обеспечивая законность в сфере уголовного судопроизводства и неукоснительное соблюдение конституционных прав граждан.

Федеральный закон «О Следственном комитете Российской Федерации» установил, что руководство деятельностью вновь созданного следственного органа осуществляет Президент Российской Федерации. В развитие положений закона Указом Президента Российской Федерации от 14.01.2011 № 38 «Вопросы деятельности Следственного комитета Российской Федерации» были утверждены:
Положение о Следственном комитете Российской Федерации;
перечень соответствия специальных званий сотрудников Следственного комитета Российской Федерации классным чинам прокурорских работников органов прокуратуры Российской Федерации и воинским званиям;
перечень должностей в Следственном комитете Российской Федерации, по которым предусмотрено присвоение высших специальных званий;
перечень соответствия должностей в Следственном комитете Российской Федерации, в том числе в военных следственных органах Следственного комитета Российской Федерации, по которым предусмотрено присвоение специальных или воинских званий, должностям, которые были предусмотрены в Следственном комитете при прокуратуре Российской Федерации, в том числе в военных следственных органах Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации.

В соответствии со статьей 13 Федерального закона «О Следственном комитете Российской Федерации» Председатель Следственного комитета Российской Федерации назначается на должность и освобождается от должности Президентом Российской Федерации без одобрения органа законодательной власти, как это было ранее. Председатель Следственного комитета Российской Федерации ежегодно представляет Президенту Российской Федерации доклад о реализации государственной политики в установленной сфере деятельности, состоянии следственной деятельности и проделанной работе по повышению ее эффективности.
Названные нововведения создали благоприятные условия для эффективной борьбы с коррупцией, в том числе в высших органах представительной и исполнительной власти, что ранее представлялось затруднительным в связи с обусловленностью назначения руководителя следственного ведомства по согласованию с названными государственными органами и подотчетностью им.

В настоящее время Следственный комитет Российской Федерации не входит ни в структуру какого-либо органа государственной власти, ни в какую-либо из ветвей государственной власти. По сути, реализуемая им следственная власть является продолжением президентской власти и может рассматриваться как элемент сдержек и противовесов в системе разделения властей.